北京市中醫(yī)研究所建于一九五九年十月，是我國(guó)首批五所中醫(yī)研究所之一。是北京市屬唯一的公益性中醫(yī)科研機(jī)構(gòu)。北京市中醫(yī)研究所是北京市科委屬下的市級(jí)研究所，由北京市衛(wèi)生局、北京市中醫(yī)管理局主管，北京中醫(yī)醫(yī)院黨委直接領(lǐng)導(dǎo)。本所為國(guó)務(wù)院碩士學(xué)位培養(yǎng)單位，現(xiàn)有針灸學(xué)、中醫(yī) 內(nèi)科學(xué)、中西醫(yī)結(jié)合臨床3個(gè)專業(yè)的碩士學(xué)位授予權(quán)。

我所現(xiàn)任所長(zhǎng)為王莒生主任醫(yī)師兼任（北京中醫(yī)醫(yī)院院長(zhǎng)），副所長(zhǎng)李萍。研究所現(xiàn)有病理生理室、生化實(shí)驗(yàn)室、藥理實(shí)驗(yàn)室、藥化實(shí)驗(yàn)室、動(dòng)物室、研究所辦公室。其中病理生理室為科研型三級(jí)實(shí)驗(yàn)室建設(shè)點(diǎn)；病理生理室、藥理實(shí)驗(yàn)室為科研型二級(jí)實(shí)驗(yàn)室。實(shí)驗(yàn)動(dòng)物室通過三級(jí)認(rèn)證。

目前我所擁有工作人員18人。其中碩士研究生導(dǎo)師3人；博士以上學(xué)位2人；碩士學(xué)位3人；在職攻讀碩士人員2人。目前已經(jīng)培養(yǎng)碩士83人，聯(lián)合培養(yǎng)博士3人。

自建所以來，我所獲得全國(guó)科學(xué)大會(huì)獎(jiǎng)1項(xiàng)、北京市科技進(jìn)步一等獎(jiǎng)2項(xiàng)、北京市科技進(jìn)步二等獎(jiǎng)4項(xiàng)、北京市科技進(jìn)步三等獎(jiǎng)27項(xiàng)，發(fā)表論文200余篇。

我所在長(zhǎng)期的中醫(yī)藥研究中形成了臨床、基礎(chǔ)相結(jié)合的研究模式。(1)在脾虛證本質(zhì)、幽門螺桿菌及胃癌前病變等方面有很廣泛的學(xué)術(shù)影響。代表人物如危北海、趙榮萊、金敬善、趙子厚等。(2)在中醫(yī)藥對(duì)皮外科疾病、組織損傷修復(fù)研究是目前研究的主要方向。主要學(xué)術(shù)帶頭人員有王莒生、李萍等。(3)具有傳統(tǒng)中醫(yī)藥制劑改革和新藥研發(fā)的能力，尤其在外用藥制劑的研究是我們的優(yōu)勢(shì)，學(xué)術(shù)帶頭人有何薇、曾祖平等。(4)中醫(yī)藥對(duì)心腦血管疾病及腫瘤的研究是具有基礎(chǔ)和發(fā)展?jié)摿Φ膶W(xué)術(shù)方向，代表性人物為丁瑞、劉衛(wèi)紅、周萍等。

研究所近三年承擔(dān)國(guó)家自然基金2項(xiàng)、北京市自然基金5項(xiàng)、北京市科委項(xiàng)目3項(xiàng)、北京市中醫(yī)管理局項(xiàng)目4項(xiàng)。

研究所具有細(xì)胞培養(yǎng)室：包括CO2孵箱、倒置顯微鏡、激光共聚焦顯微鏡、熒光倒置顯微鏡、酶標(biāo)儀和熒光酶標(biāo)儀等設(shè)備；分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)條件：電泳儀、PCR儀、紫外分光光度計(jì)、凝膠電泳成像系統(tǒng)；形態(tài)學(xué)實(shí)驗(yàn)室：包括脫水機(jī)、包埋機(jī)、石蠟切片機(jī)、冰凍切片機(jī)、圖像分析系統(tǒng)等設(shè)備；藥物分析條件：氣相色譜儀、液相色譜儀、碳、薄層掃描儀、超速低溫離心機(jī)等價(jià)值1000余萬(wàn)元儀器設(shè)備。

北京市中醫(yī)科技開發(fā)公司是北京市中醫(yī)研究所直屬的開發(fā)公司，主要經(jīng)營(yíng)項(xiàng)目為：醫(yī)療儀器、保健用品，中成藥加工技術(shù)開發(fā)，咨詢服務(wù)及新產(chǎn)品銷售等。