國家海洋局第三海洋研究所創(chuàng)建于1959年，隸屬于國家海洋局，為公益類非營利性綜合海洋研究機構(gòu)，是國務(wù)院學(xué)位委員會第二批批準(zhǔn)的碩士研究生學(xué)位授予單位，建有人事部批準(zhǔn)設(shè)立的博士后科研工作站，并由國家海洋局與廈門市人民政府共建了“廈門海洋研究開發(fā)院”。

現(xiàn)有在職職工347人（其中,中國工程院院士1人、正高級科技人員61人、副高級科技人員50人，具有博士或碩士學(xué)位人員169人），客座研究員17人，博士后2人，在讀研究生60人�，F(xiàn)任所長余興光研究員。

現(xiàn)有科研實驗與辦公用房2.7萬平方米，占地面積6.3萬平方米；擁有單件萬元以上的儀器設(shè)備900多臺，儀器設(shè)備總價值約為1.5億多元；館藏中外科技書刊8萬多冊，主辦中國自然科學(xué)核心期刊《臺灣海峽》。

設(shè)有“國家海洋局海洋生物遺傳資源重點實驗室”（中國大洋生物基因工程研究開發(fā)基地）、“國家海洋局海洋－大氣化學(xué)與全球變化重點實驗室”、“海洋生態(tài)與環(huán)境科學(xué)開放實驗室”、“海洋聲學(xué)與遙感開放實驗室”、“臺灣海峽與熱帶邊緣海海洋動力學(xué)實驗室”、“海洋與海岸地質(zhì)環(huán)境開放實驗室”、“海洋化學(xué)與環(huán)境監(jiān)測技術(shù)實驗室”、“海洋生物資源化學(xué)與化工研究中心”、“海洋環(huán)境管理與發(fā)展戰(zhàn)略研究中心”等9個研究部門，以及以面向社會經(jīng)濟建設(shè)服務(wù)為主的“廈門海洋工程勘察設(shè)計研究院”。

持有《中華人民共和國計量認(rèn)證合格證書》，《海洋工程設(shè)計證書》（甲級），《建設(shè)項目環(huán)境影響評價證書》（甲級），《海域使用可行性論證資格證書》（甲級）以及ISO9001：2000質(zhì)量管理體系認(rèn)證合格證書。

2000年以來，共承擔(dān)各類重大科研項目500多項，其中國家杰出青年基金2項；取得科研成果近200項，發(fā)表論文約700篇，其中SCI收錄160多篇，部分成果在國際權(quán)威雜志《Nature》上報道。申請發(fā)明專利30多項，獲得省部級科技進步二等獎以上的成果16項。與世界上30多個國家和地區(qū)開展了廣泛的科技合作與交流，在東南亞和港臺地區(qū)乃至國際上享有較高的知名度。