中國科學院生態(tài)環(huán)境研究中心始建于1975年，前身為經(jīng)國務院批準成立的中國科學院環(huán)境化學研究所。經(jīng)國家科委和中國科學院批準，1986年與中國科學院生態(tài)學研究中心(籌)合并，改為現(xiàn)名。

中心現(xiàn)有在職職工394人，其中科研人員273人，中國科學院院士2人、中國工程院院士3人，研究員60人、副研究員和高級工程師84人、中級研究人員109人。中心有環(huán)境科學、環(huán)境工程、生態(tài)學、環(huán)境經(jīng)濟與環(huán)境管理博士學位授予權，有環(huán)境科學、環(huán)境工程、生態(tài)學、環(huán)境經(jīng)濟與環(huán)境管理、分析化學、人口資源與環(huán)境經(jīng)濟學、有機化學碩士學位授予權，設有環(huán)境科學與工程、生物學博士后流動站，為中國科學院博士生重點培養(yǎng)基地�，F(xiàn)有在學博士生364人、碩士生199人，在站博士后研究人員82人。

中心主要研究領域包括環(huán)境化學、環(huán)境工程學、環(huán)境生物學和系統(tǒng)生態(tài)學。研究內容涉及到環(huán)境化學、環(huán)境工程、生態(tài)學、生物學、地學等學科的互相滲透。可發(fā)揮綜合性、多學科優(yōu)勢，研究地區(qū)性、全國性以及全球性的重大生態(tài)與環(huán)境問題。中心現(xiàn)設有8個研究室：環(huán)境化學與生態(tài)毒理學國家重點實驗室、環(huán)境水質學國家重點實驗室、城市與區(qū)域生態(tài)國家重點實驗室、環(huán)境生物技術研究室、大氣化學與大氣污染控制技術研究室、水污染控制技術研究室、土壤環(huán)境科學研究室、環(huán)境納米材料研究室。組建有 “持久性有毒污染物形態(tài)、環(huán)境過程與毒理效應”、“環(huán)境微界面過程與污染控制”、“土地利用與生態(tài)過程”等3個國家基金委創(chuàng)新研究群體和2個“中國科學院創(chuàng)新研究團隊” 以及城市生態(tài)定位研究站。另設有文獻信息中心、大型儀器實驗室、二惡英實驗室、環(huán)境評價部。二惡英實驗室通過了實驗室認可和計量認證，聯(lián)合國環(huán)境規(guī)劃署POPs分析示范實驗室落戶中心。中心與安捷倫科技有限公司合作共建“亞太地區(qū)北京環(huán)境分析實驗室”、與浙江嘉興市共建生態(tài)中心-嘉興市生態(tài)環(huán)境研究基地、與挪威共建中-挪環(huán)境綜合研究中心。中國科學院國情研究中心設在中心。中心是農(nóng)業(yè)部批準的農(nóng)藥登記殘留試驗認證單位之一。

環(huán)境化學與生態(tài)毒理學國家重點實驗室立足環(huán)境化學的國際前沿，研究環(huán)境中化學污染物或新化學形態(tài)的分析方法，持久性有毒化學污染物質（PTS）在環(huán)境中的遷移變化過程及其生態(tài)毒理效應，闡明重要的環(huán)境化學過程與生物過程的機理，為持久性有毒化學污染物的控制提供科學依據(jù)。

環(huán)境水質學國家重點實驗室主要研究領域包括：污染物質在環(huán)境中的復雜過程及其對生態(tài)系統(tǒng)的影響、污染控制技術及其集成，其研究方向是發(fā)展環(huán)境水質的現(xiàn)代科學與高新技術，兼顧天然水體和水處理工藝兩方面的水質問題，深入研究天然水體和水處理中水質轉化過程的基本規(guī)律，發(fā)展高新水處理技術和工藝基礎，推進我國的環(huán)境水質科學發(fā)展，為水質資源的合理開發(fā)利用提供科學依據(jù)。

城市與區(qū)域生態(tài)國家重點實驗室是以生態(tài)學、系統(tǒng)科學及計算機科學為基礎，以人口、資源、環(huán)境問題的耦合關系為對象，開展自然科學與社會科學交叉的跨學科綜合研究。理論上探討社會-經(jīng)濟-自然復合生態(tài)系統(tǒng)的生態(tài)建設理論與方法，發(fā)展具有中國特色的人類系統(tǒng)生態(tài)學；應用方面探討城市及人類密集地區(qū)的生態(tài)評價、生態(tài)規(guī)劃、生態(tài)管理的系統(tǒng)方法、集成技術及實現(xiàn)城鄉(xiāng)復合生態(tài)系統(tǒng)可持續(xù)發(fā)展的對策與決策支持手段。

中心在環(huán)境化學的若干分支領域的應用基礎研究中作出了原始性的成果。在環(huán)境工程方面可以解決若干有重大影響的實際環(huán)境問題和擁有一批有競爭能力的環(huán)境保護高新技術。在系統(tǒng)生態(tài)學方面開創(chuàng)了非傳統(tǒng)生態(tài)學的新理論和新方法學，并實現(xiàn)與高新技術的結合，爭取在生態(tài)工程方面有所突破。中心在科技實踐中形成了一支結構比較合理，富于開拓進取的科技隊伍和管理隊伍。承擔了有關國家整體利益與長遠利益的經(jīng)濟建設和社會發(fā)展中的某些重大任務，獲得了國內外同行認可，得到了國家、中國科學院和國家環(huán)境保護總局的支持。

在環(huán)境污染化學、環(huán)境水質學和環(huán)境分析化學的應用基礎研究方面具有相當?shù)姆e累和明顯的優(yōu)勢，已取得過多項科研成果。在典型化學污染物和生命必需元素在環(huán)境中的行為、水化學基礎理論、大氣臭氧耗損的化學反應過程、形態(tài)分析方法研究、分離富集技術發(fā)展、縮水內醚糖的合成和制備多糖、大骨節(jié)病因機理等方面取得了突破性進展。

在環(huán)境污染控制、廢棄物資源化、飲用水質凈化等方面已有多項較為成熟的技術，獲國家發(fā)明專利，具有推廣應用的前景。如：膜技術、汽車尾氣凈化技術、造紙黑液資源化技術、檸檬酸菌種和后提取技術、生物農(nóng)藥等。在水處理技術方面，已具備多種高效、可組裝的單元技術，如高效絮凝劑、飲用水凈化技術、超濾膜等。

在系統(tǒng)生態(tài)學與可持續(xù)發(fā)展的理論與應用方面，在國際上有一定的影響。提出的社會-經(jīng)濟-自然復合生態(tài)系統(tǒng)理論和生態(tài)工程的概念，已為國際生態(tài)學界所接受。有關生態(tài)規(guī)劃、生態(tài)環(huán)境預警研究、中國國情分析和地區(qū)差距研究等成果已為國家決策部門所接受，產(chǎn)生了較大的社會影響。

中心負責編輯出版《Journal of Environmental Sciences 》、《生態(tài)學報》、《環(huán)境科學》、《環(huán)境科學學報》、《環(huán)境工程學報》、《環(huán)境化學》和《生態(tài)毒理學報》等7種自然科學學術期刊。其中，《Journal of Environmental Sciences》被SCIE和EI收錄。

國際科聯(lián)環(huán)境問題科學委員會（SCOPE）中國委員會、中國生態(tài)學學會、國際水協(xié)（IWA）中國辦事處、Environmental Science & Technology Asian Office、國際環(huán)境情報系統(tǒng)（INFOTERRA）中國聯(lián)絡點、中國－加拿大資源環(huán)境高技術中心掛靠在該中心。