青藏高原研究所是根據(jù)國(guó)家經(jīng)濟(jì)社會(huì)發(fā)展重大戰(zhàn)略需求，面向世界科學(xué)前沿，按照新的體制和模式，經(jīng)院黨組決定，新組建的研究單元之一。2003年3月3日，中科院正式任命了青藏高原研究所的領(lǐng)導(dǎo)班子成員，12月2日，中央機(jī)構(gòu)編制委員會(huì)辦公室復(fù)字〔2003〕165號(hào)文件《關(guān)于中國(guó)科學(xué)院青藏高原研究所等單位機(jī)構(gòu)編制的批復(fù)》，正式批準(zhǔn)了青藏高原研究所的成立。

青藏高原研究所是“一所三部”，三個(gè)部分別設(shè)在北京、拉薩、昆明。北京部的主要功能是建立高水平的實(shí)驗(yàn)室和開(kāi)展室內(nèi)科研工作，以及提供便利的國(guó)際學(xué)術(shù)交流舞臺(tái)，吸引國(guó)內(nèi)外一流研究人才，組建具有國(guó)際水平和創(chuàng)新能力的科研隊(duì)伍；拉薩部的主要功能是野外實(shí)驗(yàn)研究、野外觀測(cè)臺(tái)站的運(yùn)行和為西藏社會(huì)經(jīng)濟(jì)發(fā)展服務(wù)；昆明部的主要功能是開(kāi)展極端環(huán)境下生命過(guò)程研究。

2003年10月，院人教局《關(guān)于下達(dá)2003年事業(yè)編制控制數(shù)的通知》（人教字〔2003〕43號(hào)）中核定了我所拉薩部及北京部的創(chuàng)新崗位編制數(shù)。2008年9月，中科院第十次院長(zhǎng)辦公會(huì)議審議并原則通過(guò)了“關(guān)于青藏高原研究所過(guò)去五年主要進(jìn)展與今后發(fā)展戰(zhàn)略的匯報(bào)”，認(rèn)為青藏高原研究所的創(chuàng)新目標(biāo)調(diào)整符合國(guó)家經(jīng)濟(jì)社會(huì)發(fā)展需求，將研究所的事業(yè)編制增加到150名。目前，研究所已逐步組建起了一支“立足高原，研究高原”的科研人才隊(duì)伍。截至2008年底，青藏高原所共有在職職工142人，流動(dòng)人員146人，進(jìn)創(chuàng)新崗位人員111人。在職職工中，共有科研人員120人，科技支撐人員37人，包括中國(guó)科學(xué)院院士1人、正高級(jí)專業(yè)技術(shù)人員19人、副高級(jí)專業(yè)技術(shù)人員32人、中國(guó)科學(xué)院“百人計(jì)劃”入選者6人、“國(guó)家杰出青年科學(xué)基金”獲得者4人，項(xiàng)目聘用人員31人；流動(dòng)人員中，共有客座研究員8人、訪問(wèn)學(xué)者2人。青藏高原所現(xiàn)有地理學(xué)、地質(zhì)學(xué)、大氣科學(xué)和地球物理學(xué)一級(jí)學(xué)科碩士、博士研究生培養(yǎng)點(diǎn)，并設(shè)有自然地理學(xué)二級(jí)學(xué)科博士后流動(dòng)站；2008年共有在學(xué)研究生120人，其中博士生58人、碩士生62人，有在站博士后16人。

青藏高原研究所的研究方向是：圍繞青藏高原隆升過(guò)程及其對(duì)亞洲和北半球氣候環(huán)境影響這一核心科學(xué)問(wèn)題，研究青藏高原地球動(dòng)力、地表過(guò)程與環(huán)境變化和極端環(huán)境下生物的生態(tài)適應(yīng)性及生物遺傳資源等若干領(lǐng)域的國(guó)際前沿科學(xué)問(wèn)題，做出獨(dú)創(chuàng)性的、有重大國(guó)際影響的新成果，為適應(yīng)和改善東亞地區(qū)人類生存環(huán)境服務(wù)。青藏高原研究所的主要任務(wù)是：受中國(guó)科學(xué)院委托，站在國(guó)家青藏高原研究重大科學(xué)問(wèn)題需求的高度，組織圍繞青藏高原研究的綜合項(xiàng)目和計(jì)劃，協(xié)調(diào)有關(guān)青藏高原研究的長(zhǎng)期科研活動(dòng)，有意識(shí)地促進(jìn)各部門(mén)（單位）間優(yōu)勢(shì)力量的聯(lián)合。調(diào)動(dòng)國(guó)內(nèi)外積極因素，充分利用現(xiàn)有資源，有力地推動(dòng)青藏高原科學(xué)研究的發(fā)展。在支撐平臺(tái)方面，加強(qiáng)數(shù)據(jù)采集平臺(tái)建設(shè)，加強(qiáng)有特色、高水平的實(shí)驗(yàn)室建設(shè)，組建一支具有國(guó)際水平和創(chuàng)新能力的科研隊(duì)伍，將青藏高原研究所建設(shè)成為開(kāi)放型的、組織管理與國(guó)際接軌的國(guó)際一流水平的研究機(jī)構(gòu)，逐步成為國(guó)際青藏高原研究的中心�？茖W(xué)目標(biāo)是：通過(guò)第一手原始數(shù)據(jù)和國(guó)際前沿的研究手段，在青藏高原巖石圈結(jié)構(gòu)與演化、青藏高原環(huán)境演變與全球變化、青藏高原地表與大氣過(guò)程、生物遺傳資源等方面形成原創(chuàng)性的具有重大國(guó)際影響的研究成果，持續(xù)產(chǎn)出有重要影響的研究論文，形成國(guó)際一流的科研團(tuán)隊(duì)，建成國(guó)際青藏高原研究中心。研究所還進(jìn)一步明確了近期的主要科研任務(wù)；論證了全球變化與地球動(dòng)力學(xué)野外監(jiān)測(cè)平臺(tái)建設(shè)實(shí)施計(jì)劃；持續(xù)在前沿領(lǐng)域研究和綜合研究方面取得重大進(jìn)展。根據(jù)院《改進(jìn)和完善各項(xiàng)人才計(jì)劃的實(shí)施意見(jiàn)》文件要求及我所研究方向戰(zhàn)略部署，研究所組建了環(huán)境變化與地球動(dòng)力學(xué)等科學(xué)家小組，實(shí)現(xiàn)學(xué)科交叉，進(jìn)行團(tuán)隊(duì)作戰(zhàn)，促進(jìn)成果產(chǎn)出。

青藏高原研究所的一大核心問(wèn)題是構(gòu)建起青藏高原多圈層、立體式研究的野外監(jiān)測(cè)平臺(tái)和有特色、高水平的實(shí)驗(yàn)分析平臺(tái)。姚檀棟所長(zhǎng)強(qiáng)調(diào)：青藏高原的研究必須是建立在“三高”的基礎(chǔ)上，即大量高精度數(shù)據(jù)的觀測(cè)、高分辨率信息的提取和高水平成果的產(chǎn)出。青藏高原野外臺(tái)站網(wǎng)的布局以地球物理與地質(zhì)、高分辨率記錄與現(xiàn)代過(guò)程、高原大氣三方面的觀測(cè)臺(tái)站為基礎(chǔ)，在青藏高原建成北、南、中、東、西五個(gè)基本觀測(cè)基地。目前，研究所設(shè)有納木錯(cuò)圈層相互作用綜合觀測(cè)研究站、珠穆朗瑪大氣與環(huán)境綜合觀測(cè)研究站和藏東南高山環(huán)境綜合觀測(cè)研究站3個(gè)院級(jí)野外臺(tái)站，阿里高原荒漠環(huán)境綜合觀測(cè)研究站和慕士塔格西風(fēng)帶氣候綜合觀測(cè)研究站2個(gè)所級(jí)野外臺(tái)站和中國(guó)科學(xué)院青藏高原環(huán)境變化與地表過(guò)程重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室、大陸碰撞與高原隆升實(shí)驗(yàn)室2個(gè)實(shí)驗(yàn)室。

青藏高原研究所自成立以來(lái)，堅(jiān)定不移地貫徹執(zhí)行院制定的辦所方針，加強(qiáng)國(guó)際合作與交流。并在以下幾方面取得了重要進(jìn)展：

一、根據(jù)院長(zhǎng)辦公會(huì)議精神指示，瞄準(zhǔn)國(guó)際化研究所的辦所思路，積極、穩(wěn)妥地進(jìn)行學(xué)術(shù)合作副所長(zhǎng)（Academic Co-Director）遴選工作，分別與美國(guó)、歐盟、日本等國(guó)家相關(guān)領(lǐng)域知名專家達(dá)成了共識(shí)。

二、路院長(zhǎng)在德國(guó)進(jìn)行高層互訪時(shí)指示：在一開(kāi)始便應(yīng)該舉行國(guó)際研討會(huì)，使之更加國(guó)際化。研究所積極策劃、舉辦由院與西藏自治區(qū)政府聯(lián)合主辦的“第四屆青藏高原國(guó)際學(xué)術(shù)研討會(huì)”。

三、推動(dòng)“2＋2”方案，加快國(guó)際化研究所建設(shè)進(jìn)程。即：德國(guó)馬普學(xué)會(huì)（MPG）聯(lián)系的科研機(jī)構(gòu)的研究力量和德意志研究聯(lián)合會(huì)（DFG）聯(lián)系的大學(xué)為主的研究力量，與中國(guó)科學(xué)院（CAS）下屬研究機(jī)構(gòu)的研究力量和國(guó)家自然科學(xué)基金委員會(huì)（NSFC）聯(lián)系的大學(xué)和其它部門(mén)的研究力量，通過(guò)國(guó)際合作項(xiàng)目的帶動(dòng)，實(shí)現(xiàn)國(guó)際團(tuán)隊(duì)的高水平研究。

四、完成了與美國(guó)、日本等國(guó)科學(xué)家多個(gè)國(guó)際合作研究項(xiàng)目的論證，并簽署了科技合作協(xié)議。