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皖南醫(yī)學院中西醫(yī)結合基礎專業(yè)是在我院全國知名中西醫(yī)結合研究的前輩與專家汪桐、吳敏毓等教授長期進行中西醫(yī)結合研究的基礎上，依托我院中西醫(yī)結合研究中心，獲得碩士學位授予權的。該碩士點研究方向主要有：

中西醫(yī)結合臨床時間病學，時間醫(yī)學研究是我院的科研特色之一，我院也是全國較早開展此項科研的少數(shù)幾個單位之一。該碩士點長期研究基礎上，率先提出了“臨床時間病學”。重在對臨床疾病的發(fā)生、發(fā)展、治療、向愈的時間節(jié)律性進行研究。主要從中西醫(yī)理論結合臨床實踐進行培養(yǎng)。承擔過國家留學歸國人員基金項目，安徽省科委省重點項目的研究。成果曾獲多項省級科學技術獎，出版專著4部，發(fā)表論文數(shù)十篇。已培養(yǎng)十數(shù)位攻讀碩士學位研究生，有多位繼續(xù)深造，取得了博士學位。

方劑與免疫，該方向主要研究以黃芪為主藥的方劑，對人體免疫機能的調節(jié)作用。在有關方劑對免疫作用調理過程中藥量的變化、中藥配伍的改變、方劑劑型的變化等方面，做了大量工作，取得令人囑目的進展，曾承擔過國家自然科學基金項目，在國內具有較大影響。主要從方劑對人體免疫系統(tǒng)作用方面，從理論與醫(yī)學免疫學科學實驗技能等方面對研究生進行培養(yǎng)。已培養(yǎng)畢業(yè)多屆碩士學位研究生。

針灸作用機理研究，該方向曾在國內率先提出經(jīng)絡實質的二重反射假說，該假說被列為我國經(jīng)絡實質的六大假說之一，獲得過省高�？萍歼M步一等獎。主要從中樞研究針刺的作用機理，從一般針灸及不同時辰的針刺后腦組織的功能與形態(tài)的變化，觀察了解針灸的作用機理。在國內具有良好的影響，曾承擔過國家攀登計劃、省自然科學基金等研究項目。多年來在培養(yǎng)研究生方面，重在形態(tài)與分子生物學科學實驗操作技能的訓練。

中西醫(yī)結合生殖性學，該方向主要與我院生殖醫(yī)學研究所、性醫(yī)學門診共同承擔培養(yǎng)任務，生殖醫(yī)學研究所是我省唯一的一所專業(yè)從事生殖性學臨床研究的科研機構。本方向主要研究男子因性功能障礙與少弱精子癥所致的不育癥，女性因月經(jīng)失調導致的不孕癥等的中西醫(yī)結合藥物治療。以臨床實踐與科學實驗相結合方式進行研究生的培養(yǎng)。曾出版專著六本。

這些研究方向長期穩(wěn)定，有的長達30余年歷史，最短的也有15年左右了，研究特色明顯，積累了大量科研成果與研究經(jīng)驗，對培養(yǎng)合格的碩士研究生起到了很好的作用。

本學科專業(yè)基本上每方向都組成了一個導師組對研究生進行培養(yǎng)，研究生在導師組的指導下，進行學習與攻讀碩士學位。目前我學科專業(yè)各研究方向導師組都有正教授作為主要導師，有年輕的，具有博士、碩士學位的副教授作為導師組導師，參與帶教培養(yǎng)研究生。有利于提高研究生的培養(yǎng)質量。
由于我院新校區(qū)的建成，本學科專業(yè)實驗室由原來的近百平米，擴大到現(xiàn)在的近五百平米，新增了多臺萬元以上，如動態(tài)血壓監(jiān)測儀等與研究方向相關的大型科研設備，實驗環(huán)境與條件有了明顯的改善。

由于中西醫(yī)結合學發(fā)展歷史不長，研究生課程需要大力建設。本學科專業(yè)積極開展新課程研究，建設了中西醫(yī)結合時間醫(yī)學、中西醫(yī)結合形體醫(yī)理學、中西醫(yī)結合概論等新的課程，這些課程所需的教材，有的已經(jīng)出版，有的即將出版，有的自編印成教材，并用于本學科研究生的教育與培養(yǎng)。