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我校發(fā)酵工程學科隸屬于輕工技術(shù)與工程一級學科的二級學科，是2005年被國務(wù)院學位委員會批準為具有碩士學位授權(quán)學科，目前有三個研究方向。分別是1）發(fā)酵微生物的篩選與代謝調(diào)控，是以篩選、誘變以及生物技術(shù)為手段，以糧食（玉米、大豆）深加工和改良傳統(tǒng)發(fā)酵食品和食藥用真菌功能特性為目的，研究、改造、開發(fā)具有工業(yè)應(yīng)用價值的微生物菌種。2）生物化工與發(fā)酵工藝優(yōu)化，以有工業(yè)應(yīng)用價值的微生物菌種為出發(fā)菌株，解決利用微生物生產(chǎn)工業(yè)產(chǎn)品的工藝技術(shù)問題，進而獲得微生物發(fā)酵新產(chǎn)品達到新資源的開發(fā)。3）代謝產(chǎn)物的分離與純化技術(shù)，以凝膠色譜、離子交換色譜、膜分離技術(shù)等手段進行發(fā)酵產(chǎn)物提取、分離、精制的工程技術(shù)理論和實踐應(yīng)用研究。

發(fā)酵工程學科現(xiàn)有教師10人，其中教授1人，副教授4人，講師4人，具有博士學位6人，碩士學位4人。2005年以來承擔國家“自然基金”課題1項、 國家科技部“863”課題1項、國家科技部“十一五”科技支撐項目3項、國家科技部農(nóng)業(yè)成果轉(zhuǎn)化基金課題2項，吉林省重大攻關(guān)課題2項，吉林省科技廳重點課題3項、長春市科技局課題1項，吉林省教育廳課題3項，在國內(nèi)外發(fā)表論文57余篇，其中7篇被SCI收錄。獲得省科技進步獎3項，編寫教材和論著4部。自2007年開始招生以來，現(xiàn)共有40名碩士研究生在讀。

發(fā)酵工程學科實驗室面積近300m2，擁有專業(yè)無菌室、工業(yè)微生物、發(fā)酵工藝和分離提取三個實驗室，擁有啤酒中試車間、5L發(fā)酵罐、10L發(fā)酵罐50L發(fā)酵罐各一臺，1700紫外分光光度計、大型搖床、超低溫冰柜、電泳儀、50L滅菌器、中空纖維過濾系統(tǒng)、厭氧培養(yǎng)箱、大容量冷凍離心機、生化培養(yǎng)箱、恒溫恒濕培養(yǎng)箱、顯微鏡等設(shè)備，保障本學科的教學和科學研究。